Detalhe da pesquisa
1.
A Pan-cancer Transcriptome Analysis Reveals Pervasive Regulation through Alternative Promoters.
Cell
; 178(6): 1465-1477.e17, 2019 09 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31491388
2.
WNT signalling control by KDM5C during development affects cognition.
Nature
; 627(8004): 594-603, 2024 Mar.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38383780
3.
Context-aware transcript quantification from long-read RNA-seq data with Bambu.
Nat Methods
; 20(8): 1187-1195, 2023 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37308696
4.
Genomic basis for RNA alterations in cancer.
Nature
; 578(7793): 129-136, 2020 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32025019
5.
Beyond sequencing: machine learning algorithms extract biology hidden in Nanopore signal data.
Trends Genet
; 38(3): 246-257, 2022 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34711425
6.
Detection of m6A from direct RNA sequencing using a multiple instance learning framework.
Nat Methods
; 19(12): 1590-1598, 2022 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36357692
7.
Flexiplex: a versatile demultiplexer and search tool for omics data.
Bioinformatics
; 40(3)2024 Mar 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38379414
8.
Reproducible, scalable, and shareable analysis pipelines with bioinformatics workflow managers.
Nat Methods
; 18(10): 1161-1168, 2021 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34556866
9.
Author Correction: Genomic basis for RNA alterations in cancer.
Nature
; 614(7948): E37, 2023 Feb.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36697831
10.
Integrative analysis of epigenetics data identifies gene-specific regulatory elements.
Nucleic Acids Res
; 49(18): 10397-10418, 2021 10 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34508352
11.
Epigenetic promoter alterations in GI tumour immune-editing and resistance to immune checkpoint inhibition.
Gut
; 71(7): 1277-1288, 2022 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34433583
12.
Genome-wide kinase-chromatin interactions reveal the regulatory network of ERK signaling in human embryonic stem cells.
Mol Cell
; 50(6): 844-55, 2013 Jun 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23727019
13.
Zscan4c activates endogenous retrovirus MERVL and cleavage embryo genes.
Nucleic Acids Res
; 47(16): 8485-8501, 2019 09 19.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31304534
14.
An ontology-based method for assessing batch effect adjustment approaches in heterogeneous datasets.
Bioinformatics
; 34(17): i908-i916, 2018 09 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30423059
15.
Disrupting Interactions Between ß-Catenin and Activating TCFs Reconstitutes Ground State Pluripotency in Mouse Embryonic Stem Cells.
Stem Cells
; 35(8): 1924-1933, 2017 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28577307
16.
CTRL+INSERT: retrotransposons and their contribution to regulation and innovation of the transcriptome.
EMBO Rep
; 17(8): 1131-44, 2016 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27402545
17.
Predicting gene expression in massively parallel reporter assays: A comparative study.
Hum Mutat
; 38(9): 1240-1250, 2017 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28220625
18.
A PRC2-dependent repressive role of PRDM14 in human embryonic stem cells and induced pluripotent stem cell reprogramming.
Stem Cells
; 31(4): 682-92, 2013 Apr.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23280602
19.
Estimation of pairwise sequence similarity of mammalian enhancers with word neighbourhood counts.
Bioinformatics
; 28(5): 656-63, 2012 Mar 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22247280
20.
Systematic assessment of long-read RNA-seq methods for transcript identification and quantification.
bioRxiv
; 2023 Jul 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37546854